Наша структура достаточно проста и предполагает существование двухуровневой системы организации.

Коллегия — представители студенческих научных обществ вузов Санкт-Петербурга.

Стать им может любой студент, собравший 1% подписей от общего числа студентов своего вуза. В случае наличия нескольких кандидатур, АНО «СНО» проводит выборы. Подать заявку возможно в срок с 1 октября до 1 ноября каждого года.

Исполнительный комитет — представители студенческих сообществ, организующие работу АНО «СНО» на постоянной основе
Список членов исполнительного комитета формируется ежегодно на основе списков, утверждаемых предыдущим созывом исполнительного комитета.